Sonic, Knuckles ve Tails, daha önce karşılaştıkları hiçbir şeye benzemeyen güçlere sahip gizemli bir kötü adam olan güçlü yeni bir düşman olan Shadow'a karşı yeniden bir araya gelir. Yetenekleri alt üst olan Team Sonic, beklenmedik bir ittifak aramalıdır.
