Bir profesörün yasaklı bir metni açması, şeytani Japon tanrıları Şimşek ve Yıldırım’ı serbest bırakır. Olayın izini süren Hellboy, kayıp ruhların ve efsanevi varlıkların bulunduğu gizemli bir evrene geçer. Lanetli bir samuray kılıcının etkisiyle geçmişin karanlık gölgeleriyle yüzleşmek zorunda kalan kahraman, bu dünyadaki doğaüstü yaratıklara ve kadim güçlere karşı mücadele eder.
