Kenshin’in Kamiya Dojo’ya katılmasının üzerinden birkaç ay geçerken Japonya yeni bir tehditle karşı karşıya kalır. Shishio Makoto, Kyoto’dan başlatacağı isyanla Meiji Hükümeti’ni devirmeyi planlar. Onu durdurmaya kararlı Kenshin, tehlikeyi tek başına göğüslemeye hazırlanır; ancak genç savaşçı Makimachi Misao ve diğer sadık dostları da bu yolculukta ona katılır. Kenshin, Japonya’nın geleceğini tehdit eden mücadelede düşmanıyla yüzleşirken geçmişiyle de hesaplaşmak zorunda kalır.
